國立台灣科技大學生態與防災工程研究中心於 91 年 8 月在教育部「輔導新設國立大學健全發展計畫」經費挹注，完成生態與防災工程研究中心軟硬體及基礎研究設備之建置。成立至今在歐章煜教授、鄭明淵教授、林耀煌教授與林宏達教授、楊亦東教授五位歷任主任悉心規劃與帶領下使得本中心能持續成長與茁壯，使得十數年間台灣科技大學各學院各系的專業知識可以順利分享給產業界以及公家機關，成功地擴大轉換成為國家社會服務的能量。

另一方面於民國96年 2月為配合行政院勞工委員會委託本校辦理「營造業職業災害防治計畫」，國立台灣科技大學成立營造業職業災害防治中心，成為國內唯一營造業職業災害防治研究專責單位，當時之中心主任林耀煌教授協助政府推動營造業職業防治相關研究，在十年多年間為全面提升國內營造安全衛生水準，成功打造優質工作環境。

因應國內外各種土木工程技術之日新月異精進，以及面臨工程挑戰也更為多元化，台灣科技大學為能更有效的協助營建土木產業升級，並深根各種工程技術與強化防災以及生態環境之永續，將「生態與防災工程研究中心」與「營造業職業災害防治中心」兩中心合併，成立「台灣科大工程與防災創新技術研究中心」。